淡水河紅樹林自然保留區是由水筆仔彈塗魚招潮蟹水鳥等構成了典型的河口溼地生態系，區內匯集來自河川上游及海洋所帶來之各種無機鹽及有機質。水筆仔 是紅樹科加藤樹屬的常綠喬木，基部膨大成板根，幹基又長出許多氣根成支持根，為胎生植物，具固土防潮護土等功效。再加上紅樹林植物體本身枯枝落葉的分解，讓區內沈澱了大量的有機質，提供底棲動物最佳生存環境，也構成完整的碎屑食物網，更提供了鄰近水域一個發展完整的溼地生態系統，能藉著內部的水位變化以及與外界不斷地交換質能的過程中，補充新的養分和排除各種新陳代謝的廢物，不但能維持其生態系的正常運轉，也能充分地供應河口及沿海生態系所需的物質和能量。
由台北市往淡水方向，經由北淡公路到達竹圍國小附近，往淡水河方向步行，即可見到這片紅樹林，這裡是河海交會處，潮水漲退，淡鹹水混合，鹽度變化大，灌叢狀之水筆仔林攔截淡水河上游沖刷而來之有機物，堆積腐爛後成為魚蝦蟹的食物，同時吸引成群水鳥到此覓食棲息 ，而且這裡正是東北亞鳥類遷移之路徑上，可觀賞到的鳥類 多達60幾種，留鳥以磯鷸翠鳥小白鷺 夜鷺為代表，候鳥與過境鳥則以小水鴨 中杓鷸小環頸鳥濱鷸黃頭鷺蒼鷺最常見。
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